Baltijas jūra dažādu iemeslu dēļ tiek uzskatīta par vienu no piesārņotākajām jūrām uz Zemes. Barības vielu nokļūšana tās ūdeņos stimulē aļģu vairošanos, samazina skābekļa daudzumu, ūdenim topot tumšam un duļķainam. Urbānie atkritumi un rūpnieciskais piesārņojums, kas nereti nonāk jūras ūdenī, ietekmē tās ekosistēmu. Zvejniecība (it kā pārmēru intensīvā) un klimata mainība pamzām "rāda" to ilgtermiņa ietekmi. Baltijas jūrā mītošo zivju sugu, piemēram, Baltijas mencas populācijai (it kā) samazinoties, reģionā tiek nopietni ietekmēta iepriekšminētā zvejniecība.